La Biblioteca Civica di Padova fu istituita insieme con il Museo e l'Archivio del Comune alla metà dell'Ottocento grazie all'opera di Andrea Gloria (Padova 1821-1911). Per questa sua originaria unione con il Museo Civico è stata anche denominata, in passato, Biblioteca del Museo e la storia delle sue raccolte si intreccia con quella dell'istituto di appartenenza.
ll patrimonio è costituito principalmente di fondi manoscritti e antiquari, provenienti in larga misura da biblioteche private di famiglie e collezionisti padovani dell'Ottocento e del Novecento.
Nel 1839 il conte Girolamo Polcastro aveva lasciato alla città la sua raccolta di classici greci e latini, comprendente anche la biblioteca antiquaria dello zio Gian Domenico, in tutto oltre 4.000 volumi, che sono da considerare il nucleo originario della Biblioteca e che furono collocati nel 1842 negli spazi del Palazzo Municipale, divenuto di fatto prima sede di conservazione del futuro istituto.
Nel 1856 fu acquistata la collezione libraria del notaio Antonio Piazza assieme alle sue cospicue raccolte di oggetti d’arte. Si trattava di una ricca collezione di manoscritti, incunaboli, libri rari, documenti, disegni e mappe, vedute, ritratti, messa insieme con grande passione da Piazza, tutto materiale di argomento padovano, che costituisce il nucleo principale della Raccolta Padovana.
Fra i codici riccamente miniati più preziosi e noti ricordiamo: il Capodilista, scritto tra il 1434 e il 1440, che ci dà notizie sulle origini delle famiglie Forzaté e Capodilista,
esaltandone la magnificenza con grandi miniature a piena pagina; alcuni dei codici appartenuti a Francesco Novello da Carrara, come il Liber de princibus Carrariensibus, del secolo XV, con le biografie dei signori Carraresi dell’umanista Pietro Paolo Vergerio, impreziosito dai ritratti miniati a figura intera dei principi. Di assoluta rilevanza per la storia della città sono poi i codici degli statuti cittadini di epoca medievale e i manoscritti degli statuti e delle matricole delle fraglie (corporazioni) spirituali e di mestiere della città; il grande disegno a penna su pergamena di Padova e del suo territorio, eseguito da Francesco Squarcione per il Comune intorno al 1465; la raccolta pressoché completa degli incunaboli padovani.
Fra i primi libri a stampa è presente il De anima di Aristotele, stampato a Padova nel 1471, fregiato di una bella iniziale miniata che raffigura il "princeps philosophorum", il primo libro datato con sicurezza del prototipografo - oltre che pittore e intarsiatore - Lorenzo Canozi.
Singolare la raccolta femminile, entrata in biblioteca nel 1870, quando gli eredi del conte Pietro Leopoldo Ferri donarono la collezione di oltre 1.000 volumi e opuscoli di scrittrici italiane.
Nel 1873 Roberto De Visiani, professore di botanica dell’Università, prefetto dell’Orto Botanico e studioso di storia della lingua italiana, aveva donato alla biblioteca la sua Raccolta di testi di lingua (le edizioni accettate dalla Accademia della Crusca come esempi di pura lingua italiana), che ammontava a oltre 2.500 volumi, per la maggior parte libri stampati tra il Cinquecento e il Settecento ed alcuni manoscritti.
Ingente il fondo librario del notaio Agostino Palesa, cultore di studi umanistici, acquisito nel 1874. Si trattava di una collezione di ben 117.000 volumi, molti dei quali assai rari, che includevano la raccolta Cominiana (le opere stampate nel Settecento dalla tipografia padovana di Giuseppe Comino e Giannantonio Volpi), le collezioni Dantesca Petrarchesca e la raccolta delle edizioni elzeviriane e delle aldine. Fra queste ultime è presente un esemplare dell’edizione delle Rime di Francesco Petrarca pubblicata nel 1501 da Aldo Manuzio, il più geniale editore-tipografo del Cinquecento: per la prima volta per un testo volgare si utilizzava il carattere corsivo italico, in uso ancora oggi, e il formato piccolo, "da mano".
La biblioteca conserva oltre 5.000 manoscritti: libri, opuscoli, documenti, lettere, materiale archivistico. A questi si aggiungono le oltre 8.000 lettere della raccolta di Manoscritti Autografi, fra cui lettere di Aleardo Aleardi, Giuseppe Baretti, Antonio Canova. 
Considerevole la sezione dei periodici: circa 400 correnti e oltre 2.000 cessati. Fra questi figurano numerosi e importanti periodici italiani dell’antico regime, molti dei quali stampati negli stati veneti, comprensivi di gazzette e almanacchi. Di interesse locale: "L’Aurora. Padova", "Il Bacchiglione", "Il Comune: giornale di Padova", "L’Euganeo", "Gazzetta privilegiata di Venezia", "Il Veneto".
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Tra i fondi non librari assai consultata e ricca è la Raccolta Iconografica Padovana ricca di circa 11.000 pezzi che includono la più illustre cartografia storica del territorio, fotografie antiche e cartoline. La collezione documenta la storia dell’immagine urbana e della vita cittadina: ritratti, vedute, piante, cerimonie, eventi storici. Fra gli autori più illustri Gaspare Dall’Abaco, Francesco Squarcione, Giovanni Valle, Domenico Cerato, Luigi Borlinetto, Carlo Naya.
La Biblioteca Civica è stata considerata dalla sua istituzione il luogo privilegiato per la custodia della memoria locale. Per questo in passato e in tempi recenti i discendenti di famiglie ragguardevoli e di personaggi di rilevanza per la vita cittadina le hanno affidato i propri archivi per la custodia, l’inventariazione e la consultazione. Numerosi sono quindi gli archivi privati presenti in Biblioteca, tutti importanti testimoni per la storia locale in ampia accezione. Fra i più significativi: Dondi dall’Orologio, Pietro Estense Selvatico, Alberto Cavalletto, Emilio Lovarini, l’archivio Maldura-Emo Capodilista, la raccolta Bruno Brunelli Bonetti. Di recente si è aggiunto l'Archivio di lotta femminista per il salario al lavoro domestico.
